Prototype

O jogo segue a história de Alexander J. Mercer, que acorda com amnésia em um necrotério no porão da GenTek, uma grande empresa de engenharia genética e influente. Ele foge e se propõe a recuperar sua memória e descobrir exatamente o que ocorreu. Alex logo descobre que ele agora possui poderosas habilidades chamadas "shapeshifting" que mudam o seu corpo e dão força sobre-humana, velocidade, agilidade, durabilidade, defesa e capacidade de "consumir" as pessoas e ganhar as suas memórias, habilidades e aparência.

Sem memória de sua vida anterior, Alex é obrigado a rastrear e sugar a memória das pessoas relacionadas com a conspiração, a fim de descobrir a verdade. Durante sua busca, Alex enfrenta duas facções: Blackwatch, que é unidade de forças especiais dedicada a combater a guerra biológica, e os infectados, fação composta de civis que contraíram um vírus estranho e monstros poderosos conhecidos como hunters. Capitão Cross, um oficial Blackwatch, tem ordens específicas para encontrar e conter Alex.

Alex faz contato com sua irmã, Dana Mercer, que o ajuda no rastreamento de alvos que podem ajudar na descoberta de seu passado, levando a uma infiltração na sede da GenTek. Alex encontra uma mulher chamada Elizabeth Greene contida no nível 51 do edifício, que escapa e toma o controle da facção Infected. Alex logo encontra o Dr. Ragland - um patologista ligado a toda a questão, ou seja, a culpa é dele! - que também ajuda Alex em sua busca. À medida que a conspiração se desenvolve, e com a ajuda de um contato não identificado, as origens do vírus e Elizabeth Greene são descobertos: em 1969 o governo tinha testado o predecessor do vírus em Hope, cidade de Idaho, projetado para atacar raças predeterminadas.